Alla morte di don Brunello nel 1928 gli succede monsignor Giovanni Augusto Brotto: durante il suo rettorato arriva la parificazione del Liceo-Ginnasio con Regio Decreto Ministeriale del 7 agosto 1939. Allo scoppio della seconda guerra mondiale il Barbarigo vive in prima linea le tragiche vicende belliche, dandi rifugio a diversi partigiani e perseguitati. L’anno scolastico 1944-45 è il più triste e movimentato della storia del Collegio, con bombardamenti, arresti e sospetti, timori e minacce.
Durante la Resistenza il Collegio diviene infatti anche centrale cospirativa, magazzino di esplosivi e centro di informazioni e di staffette, vantando anche pagine di lotta, con diversi professori e sacerdoti arrestati e interrogati. Durante l’occupazione tedesca anche don Giovanni Nervo – successivamente primo presidente della Caritas italiana – stampa fogli clandestini nella sua stanza ridotta a tipografia, mentre un grave colpo è la tragica notizia della fucilazione di alcuni giovani ufficiali del Regio Esercito Italiano, ex allievi del Barbarigo, che si sono rifiutati di aderire alla Repubblica Sociale Italiana di Mussolini. (Immagine a destra: targa in via Rogati in onore di Otello Pighin, ucciso il 7 gennaio 1945, medaglia d’oro al valore militare e collaboratore nella Resistenza di Mons. Giovanni Nervo e di Mons. Apolloni).
Verso la fine dell’aprile del 1945, alla vigilia dell’insurrezione, una quindicina di partigiani, usciti dalle celle di palazzo Giusti, riparano proprio dietro il portone di via Rogati. Con il 1º maggio cominciò a funzionare il “Centro Assistenza”, “Comando di Tappa” e smistamento della regione Veneto per gli ex-prigionieri e reduci dalla Germania, a disposizioni dei quali vengono messi dei giacigli, pasti e abiti.
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