Nel 1945 a monsignor Brotto succede monsignor Antonio Zannoni, uomo dalla forte personalità e molto attivo in Italia nella difesa della scuola cattolica, tanto da essere nominato presidente onorario della Federazione Istituti di Attività Educative (FIDAE). Nel 1953 giunge il riconoscimento legale dell’Istituto Tecnico Commerciale (Ragioneria), mentre il Liceo Scientifico fa la sua comparsa nell’ottobre del 1963. A mons. Zannoni è stata dedicata l’aula magna dell’Istituto.
Nel 1967 il nuovo rettore è don Mario Mortin, che nel 1978 contribuisce a fondare l’Associazione Genitori Scuole Cattoliche (AGESC). L’anno scolastico 1969-70 vede l’introduzione nella Scuola Media di un originale esperimento di educazione musicale condotto da don Floriano Riondato, che da oltre 60 anni continua ancora oggi a galvanizzare la passione degli allievi verso lo studio degli strumenti musicali. Novità ancor più rilevante l’ammissione delle ragazze a partire dal 1972, che si dimostra subito pedagogicamente opportuna e corrispondente sia alle esigenze delle famiglie, sia al desiderio delle ragazze di trovare in diocesi una scuola cattolica in indirizzi che non fossero le Magistrali e il Liceo Linguistico. Con l’anno scolastico 1975-76 apre pure l’Istituto Tecnico per Geometri. In questo periodo frequenta l’Istituto Ezechiele Ramin, successivamente missionario comboniano e martire in Brasile nel 1985: a lui è dedicata una sala nel chiostro del Barbarigo.
Successore di don Mortin alla guida dell’Istituto (1987) è don Francesco Cesaro. Durante il suo rettorato, nel 1992, nacque la Scuola d’Arpa, fiore all’occhiello del gruppo musicale di don Floriano, che oggi è alla base dell’Ensemble Musicale Floriana, l’orchestra d’arpe più grande al mondo.
Nel 1997 viene nominato rettore dell’Istituto don Giancarlo Battistuzzi, nel cui programma rientra anche una decisa spinta all’internazionalizzazione, con l’adesione all’importante progetto europeo Socrates-Comenius e alla rete internazionale di scuole Elos.
Dal 2009 rettore dell’Istituto è don Cesare Contarini, che assume l’incarico dopo aver diretto per 16 anni la Difesa del Popolo, il settimanale diocesano di Padova. In questi anni si avvia l’esperienza del liceo musicale (2010-16) e si allarga il liceo scientifico all’opzione scienze applicate.
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